明治時代初期の学制に基づき、堺県和泉国第二十三区日根郡二十九番小学校として、1873年6月15日に当時の日根郡樽井村（のち泉南郡、1940年町制施行で樽井町）で開校した。開校当初は樽井・男里・馬場・鳴滝の4村を校区としていたが、1875年には男里・馬場・鳴滝の各村を校区から外し、樽井村1村を校区としている。
1876年5月25日に樽井村31-2番地（現在地）に移転している。学校制度の変遷に伴い改編を繰り返したのち、1907年には高等科を併設した。
1947年には学制改革により泉南郡樽井町立樽井小学校となり、敷地内に樽井町立樽井中学校を併設した。樽井中学校は翌1948年に近隣の村の中学校と統合して学校組合立山之井中学校へ改編されたのち、現在の泉南市立泉南中学校へと統合されている。